Zarządzeniem Rektora Krakowskiej Akademii im. Andrzeja Frycza Modrzewskiego z dnia 22 grudnia 2015 r. w dniu 1 marca 2016 r. rozpoczął działalność Wydział Lekarski. Z dniem 1 września 2017 r. Wydział Lekarski połączył się z Wydziałem Zdrowia i Nauk Medycznych tworząc Wydział Lekarski i Nauk o Zdrowiu, natomiast zarządzeniem Rektora z dniem 1 września 2024 r. Wydział Lekarski i Nauk o Zdrowiu został podzielony na dwa wydziały: Wydział Lekarski oraz Wydział Nauk o Zdrowiu.
Zadaniem Wydziału jest m.in. prowadzenie studiów jednolitych magisterskich na kierunku lekarskim.