W roku akademickim 2023/2024 w ramach Towarzystwa działają następujące Studenckie Koła Naukowe (dedykowane studentom kierunku lekarskiego nauczanemu w języku polskim i angielskim, pielęgniarstwa oraz fizjoterapii): 

• SKN Anatomia (opiekun: lek. Ewa Budkiewicz-Długaj);  
• SKN Alergologia (opiekun: prof. dr hab. n. med. Barbara Rogala); 
• SKN Chirurgia (opiekun: dr. n. med. Michał Kisielewski);
• SKN Choroby Wewnętrzne (opiekun: dr n. med. Waldemar Kosiba)
• SKN Gastroenterologia (opiekun: prof. KAAFM dr hab. n. med. Iwon Grys)
• SKN Genetyka (opiekun: dr hab. n. med. Anna Sadakierska-Chudy, prof. KAAFM); 
• SKN Kardiologia (opiekun: dr hab. n. med. Piotr Buszman, prof. KAAFM); 
• SKN Neurologia (opiekun: dr n. med. Magdalena Wójcik-Pędziwiatr); 
• SKN Okulistyka (opiekun: dr n. med. Maciej Kozak); 
• SKN Ortopedia (opiekun: dr n. med. Tomasz Pardała); 
• SKN Patofizjologia (opiekun: dr hab. n. med. Piotr Kopiński, prof. KAAFM); 
• SKN Pediatria (opiekun: dr. n. med. Marta Czubaj-Kowal); 
• SKN Reumatologia i Immunologia Kliniczna (opiekun: dr n. med. Przemysław Borowy); 
• SKN Promocji Zdrowia i Pielęgniarstwa (opiekunowie dr n. med. Mariola Seń i dr n. med. Edyta Laska); 
• SKN Symulacji Medycznej dla Pielęgniarstwa (opiekun: mgr Paulina Kurleto); 
• Fizjoterapeutyczne Studenckie Koło Naukowe Physio (opiekunowie: dr Gabriela Wójciak i mgr Marcin Kubala); 
• SKN Chorób Infekcji i Tropikalnych (opiekun: dr Lidia Stopyra)